Hauptseite
Rezensionen
Autoren
Themen
Reportagen
Meldungen
Links
Kontakt
Newsletter
Cynthia Gibas / Per Jambeck
Developing Bioinformatics Computer Skills
(2001)

O'Reilly Verlag
429 Seiten
€ 40,99


Von Bruno Hopp am 13.09.2001

  Der frei übersetzte englische Titel "Entwicklung von Befähigungen in der BioInformatik" läßt schon ahnen: hier geht es um den Einsatz von Computerhilfe im hochspezialisierten Feld der Bio-Informatik. Das Buch wendet sich ausdrücklich an all jene, die in den Bio-Wissenschaften und der Medizin allgemein, der Genetik und ihren Unterdisziplinen im speziellen auf die Hilfe von Computerleistung angewiesen sind - vom Studenten bis hin zum erfahrenen Wissenschaftler. Es werden auf den ersten 130 Seiten in sehr komprimierter Form viele Argumente angeführt warum im wissenschaftlichen Bereich - aber nicht alleine dort - Unix und sein Abkömmling LINUX hervorragende Werkzeuge sind.
  Grundlegende Funktionen und Möglichkeiten z.B. der Mehrnutzerbetrieb werden vorgestellt. Immer vor dem Hintergrund der praktischen Anwendung in der Bioinformatik geht es mit Kapitel 6 dann zum ersten Schwerpunkt: "Biological Research on the Web". Allein hier wurde mir beim Lesen klar, wie sehr das Internet nicht nur die Biowissenschaften sondern die gesamte wissenschaftliche Arbeit quer durch alle Fächer verändert hat. Es gibt hunderte elektronischer Zeitschriften, frei zugängliche Datenbanken die einem bei kluger Vorgehensweise nützliche Informationen liefern.
  Allein der Abschnitt über Suchmaschinen im Internet bringt einige schöne Beispiele, wie wissenschaftliche Arbeit vom freien Zugang zum Internet profitiert - das "Human Genom Project" stellt nur einen einzelnen Aspekt unter vielen. DNA, RNA, Sequenzanalysen und paarweise Sequenzenvergleiche mit Hilfe von großen Datenbanken sind schöne Themen, die jeden Interessierten aufhorchen lassen. Zahlreiche Abbildungen helfen zu verstehen, was die beispielhaft dargestellten Abstammungsbäume aus der Phylogenetik aussagen.
  Ein ebenfalls sehr instruktives Kapitel ist der Visualisierung und Modellierung von Proteinstrukturen gewidmet. Wieder geht es fächerübergreifend um Moleküle und deren chemischen Eigenschaften, aber auch um ausgewählte Softwarepakete (kommerzielle und frei erhältliche).
  Ab Seite 329 geht es mit "Databases and Visualization" zu weiteren Kernthemen, von denen jedes für sich mehrere Doktorarbeiten hergeben könnte: Automatisierung von Datenanalysen mittels Perl, einer modernen Programmiersprache. Zügig wird der Leser auf den Umgang mit leistungsfähigen Datenbanksystemen vorbereitet. Leistungsfähig heißt: frei erhältliche Systeme, die in kürzester Zeit für eigene Bedürfnisse anpaßbar sind und der Belastung durch ganze Hundertschaften datensammelnder Forscher standhalten. MySQL und PostgreSQL, beides in der Linuxwelt wohlbekannte voll relationale Datenbanksysteme, werden vorgestellt.
  Zum Höhepunkt gerät das Schlußkapitel zu "Visualization and Data Mining", wo es um die effiziente Analyse größter Informationsmengen geht. Auch hier bieten unter Linux "XGobi" und "XGvis" ein breites Spektrum, wogegen im Vergleich kommerzielle Lösungen nicht relevant sind (XGobi ist übrigens bei Debian Linux schon enthalten, genauso wie MySQL und PostgreSQL...)
  Bei sehr guten Büchern eine schöne Sitte: ein Anhang mit Nützlichem ergänzt das Feuerwerk, das die Autoren bis hierhin bieten: es gibt Lesetips zur Einführung in Unix und Linux, zur Linux Systemadministration sowie Referenzen zu Bioinformatik, Molekularbiologie, Proteinstrukturen und Genome. Datenbankgrundlagen, Visualisierung, Data Mining und ein von O'Reilly gewohnt detailreicher Index machen das dies Buch zu einer Fundgrube für den Leser. Wer also in den Biowissenschaften gleich welcher Couleur arbeitet und mit computergestützten Verfahren arbeiten muß/möchte: die absolute Leseempfehlung!

Das Copyright © liegt beim jeweiligen Autor der Kritik. Ohne seine ausdrückliche Zustimmung darf seine Rezension nicht verwendet werden.

Wenn Sie zu diesem Buch auch eine Kritik schreiben wollen, senden Sie diese bitte per eMail. Diese Mail geht an den Betreiber dieser Seite!
Mails an den Autor der Kritik sind nur möglich, wenn dessen Name ein Link ist. Mit dem Link gelangen Sie zum Portrait des Rezensenten, wo meist auch seine eMail-Adresse zu finden ist. Andernfalls ist keine Kontaktaufnahme erwünscht oder möglich.